1. טיפול מקדים
ניקוי פיזי: הסר זיהומים כמו בוץ, קולואידים, מיקרואורגניזמים על פני הממברנה. שיטות נפוצות כוללות שטיפת מים ושטיפת מים בגז-.
ניקוי כימי: השתמש בחומצה (כגון חומצת לימון), אלקלי (כגון נתרן הידרוקסיד) או חומר ניקוי מיוחד לפירוק מזהמים (כגון יוני סידן ומגנזיום, חומרים אורגניים) בנקבוביות הממברנה.
סיווג זיהוי: על ידי בדיקת קצב ההתפלה של הממברנה, ייצור המים, ירידת הלחץ ואינדיקטורים נוספים, נשפטים מידת הנזק ויכולת התיקון של הממברנה, והיא מחולקת לממברנה הניתנת לתיקון ולממברנה שנגרטה.
2. תיקון והתחדשות
התחדשות כימית: לממברנות עם פחות זיהום, נעשה שימוש בחומרי חמצון חזקים (כגון נתרן היפוכלוריט) או בתכשירים אנזימים להסרת מזהמים עמוקים ולהחזרת החדירות של הממברנה.
תיקון פיזי: לנזק מקומי על פני הממברנה, נעשה שימוש בטכנולוגיית ציפוי (כגון ציפוי פולידופמין) או ננו-חומרים למילוי החורים ולהארכת חיי השירות.
טיפול בשינויים: שנה כימית את הממברנה המתחדשת (כגון השתלת קבוצות הידרופיליות) כדי לשפר את יכולת האנטי--שלה נגד זיהום או להתאים אותה לדרישות מיוחדות לאיכות מים (כגון טיפול בשפכי מלח- גבוהים).
3. סילוק בטוח (עבור ממברנות שנשמטו)
טיפול בפירוליזה: פירוק חומרי ממברנה בטמפרטורות גבוהות בסביבת חמצן -נטולה או נמוכה- כדי לשחזר פחמן, מתכות ורכיבים אחרים, תוך הפחתת פליטת חומרים רעילים כגון דיוקסינים.
הטמנה או שריפה: עליו לעמוד בתקנים לטיפול בפסולת מסוכנת כדי למנוע דליפה של חומרים כימיים בממברנה. אזורים מסוימים דורשים שחומרי ממברנה יתמצקו וייצבו לפני הטמנה.